IDENTIFIKASI ISOLAT FUNGI ENDOFIT LBKURCC43 BERDASAR SEKUENS ITS rDNA DARI UMBI TANAMAN DAHLIA (DAHLIA VARIABILIS)

Abstract

Fungi LBKURCC43 merupakan fungi endofit yang diisolasi dari umbi tanaman dahlia berbunga ungu (Dahlia variabilis) di Padang Panjang, Sumatera Barat. Identifikasi secara morfologi isolat tersebut telah dilakukan dan hanya mengidentifikasi pada tingkat genus. Identifikasi secara molekuler dengan menggunakan DNA adalah identifikasi spesies yang lebih tepat digunakan. Sebelum dilakukan analisis filogenetik secara molekuler berdasarkan sekuens DNA ribosomal pada daerah ITS-1 dan ITS-2, dilakukan ekstraksi DNA dan amplikasi PCR ITS rDNA yang baik untuk sekuensing. DNA kromosomal diisolasi menggunakan kit Wizard Genomic Purification ex Promega Co (Madison, USA) dari sel miselia berumur tiga hari. Hasil penelitian menunjukkan bahwa DNA berhasil diisolasi dari miselia yang berumur tiga hari sebelum terbentuk spora dan jumlah yang cukup tinggi untuk PCR. DNA kromosomal fungi LBKURCC43 memiliki BM (berat molekul) 10.294 pb. ITS rDNA berhasil diamplifikasi dengan PCR menggunakan pasangan primer ITS5 dan ITS4, suhu annealing untuk 440C dan menghasilkan produk PCR dengan berat molekul 455 pb. Hasil analisis filogenetik daerah ITS-1, ITS-2 dan 5,8S rDNA dari genom fungi LBKURCC43 menunjukkan bahwa spesies dari fungi LBKURCC43 adalah Hanseniaspora uvarum dengan kemiripan identitas mencapai 97%.